يستهدف  قسم التشريح الآدمى وعلم الأجنة القدرة المؤسسية استراتيجياً كونها حاكمة للأداء المؤسسي ومؤثرة بصورة مباشرة فى مجمل المخرج المؤسسي والناتج النهائي لمحصلة الأداء المؤسسي وهوا لفاعلية التعليمية بما يحقق رسالة ورؤية القسم، وذلك من خلال الأهداف الإستراتجية التالية: 

1- تلتزم كلية طب بنها بمفهوم التخطيط الاستراتيجي على المستوى المؤسسي حيث إنه هوالمحدد للتوجه المستقبلي للكلية.

2- يجب تحديد هيكل تنظيمي ينظم العلاقات بين الافراد المكونين للتنظيم، وبصورة ملائمة لطبيعة الكلية، مع تحديد مهام وترتيب السلطات.

3- تلتزم كلية طب بنها بوجود معايير موثقة ومعلنة لاختيار القيادات الأكاديمية.

4- تلتزم كلية طب بنها بوجود معايير موثقة ومعلنة ومعتمدة تحدد التزام الكلية والعاملين بها بحقوق الملكية الفكرية والنشر، ويجب اعتماد الكلية لسياسات عادلة غير مميزة.

5- يجب أن تتصف معايير اختيار القيادات الإدارية بكلية طب بنها بالموضوعية والعدالة، وأن تكون هناك خطط متكاملة لتدريب القيادات الإدارية والعاملين مع تحديد نوع المهارات المستهدفة.

6- يجب أن تتبنى الإدارة في كلية طب بنها تصورا يكفل مراعاة كفاية الموارد المالية السنوية لتحقيق الرسالة والغايات والأهداف الإستراتيجية.

7- تلتزم كلية طب بنها بتوفير خطة متكاملة لخدمة المجتمع وتنمية البيئة، ومشاركة الأطراف المجتمعية المختلفة في إعداد البرامج التعليمية والاستفادة من إمكانيات الكلية في خدمة البيئة والحفاظ على البرامج الوقائية والعلاجية. 

8- يجب على قيادات كلية طب بنها ووحدة الجودة عمل آلية لاستمرارية التقويم الذاتى للأداء الكلى للمؤسسة، ويجب مراجعة ومناقشة مؤشرات التقويم الذاتى للأداء الكلى للمؤسسة.

9- تلتزم كلية طب بنها بمراجعة وتحديث سياسات القبول والتحويل ، والتعامل مع الطلاب الوافدين، وتوفير الدعم الطلابي ودعم حالات الطلاب المتعثرين دراسيا وذوي الاحتياجات الخاصة. 

10- يجب على كلية طب بنها أن تتبني المعايير الأكاديمية القياسية القومية مع الاستعانة بمـعايير أخرى معتمدة. 

11- يجب أن تتوافق البرامج التعليمية بكلية طب بنها مع احتياجات المجتمع والتنمية، كما يجب تحديث هذه البرامج دوريا استجابة لمتغيرات سوق العمل. ويجب أن يكون هناك توصيف واضح وموثق ومعلن للبرامج التعليمية والمقررات الدراسية. 

12- تلتزم كلية طب بنها بمراجعة سياسة التعليم والتعلم ،مع التركيز على تنمية برامج التعلم الذاتي والمهارات العملية، وتبني أنماط التعليم غير التقليدية وتبني قدرة البحث والنقد لدى الطالب، كما يجب توطيد مفهوم الأداء التفاعلي والتعلم النشط، ويجب على الكلية السعي لحل مشكلات الكثافة العددية الزائدة والدروس الخصوصية والكتاب الجامعي وضعف الموارد. كما يجب تطوير أساليب تقويم الطلاب. 

13- يجب على إدارة كلية طب بنها التأكد من كفاية وكفاءة أعضاء هيئة التدريس لتحقيق المخرجـــات المستهدفة للتعلم، ويجب وضع قواعد ثابتة وخطة مستقبلية واضحة لتعيين أعضاء هيئة التدريس/الهيئة المعاونة. 

14- تلتزم كلية طب بنها بعمل خطة بحثية موثقة ومرتبطة بخطة الجامعة وخصوصية الوضع البيئي والإقليمي للكلية. مع وجود لجنة لأخلاقيات البحث العلمي لتحديد الأطر الأخلاقية المنظمة للأبحاث التى تجرى داخل الكلية والمستشفى الجامعي، ولتنمية التعاون بين الأقسام وتشجيع عمل فرق جادة ومتكاملة لإنجاز المشروعات البحثية يجب إنشاء معمل أبحاث مركزي وتشغيله على المستوى الأمثل. 

15- يجب على كلية طب بنها مراجعة الدرجات الممنوحة وعمل قاعدة بيانات خاصة بالدراسات العليا. ويجب على الأقسام عمل توصيف موثق ومعتمد لبرامج الدراسات العليا، كما يجب التأكد من فاعلية أساليب التقويم لطلبة الدراسات العليا. 

16- لا بد من وجود خطة موثقة للتقويم الشامل والمستمر للفاعلية التعليمية، ويجب أن تضطلع إدارة الجودة بعمل نظام داخلي لإدارة الجودة للمتابعة الدورية للبرامج والمقررات ونشر ثقافة الجودة بين أعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم والطلاب .