مجلس قسم الفارما هو الجهة المسؤولة عن تنظيم وإدارة الشؤون الأكاديمية والعلمية بالقسم، حيث يختص بوضع الخطط الدراسية، ومراجعة وتطوير المقررات بما يتوافق مع معايير الجودة والاعتماد الأكاديمي. كما يشرف المجلس على العملية التعليمية والبحثية، ويناقش موضوعات الدراسات العليا وخطط البحث العلمي، ويقترح سبل الارتقاء بمستوى أعضاء هيئة التدريس والطلاب. ويعمل مجلس القسم على دعم التكامل بين التعليم والبحث وخدمة المجتمع بما يسهم في تحقيق رسالة وأهداف الكلية والجامعة