يعتبر مجلس القسم هو السلطة التنفيذية والتشريعية الأعلى داخل قسم الميكروبيولوجيا والمناعة الطبية بكلية الطب - جامعة بنها. يتكون المجلس عادةً من رئيس القسم وجميع الأساتذة والأساتذة المساعدين، وممثلين عن المدرسين.
تتمحور مهام المجلس حول ثلاثة محاور أساسية: العملية التعليمية، البحث العلمي، والشؤون الإدارية.
- الشأن الأكاديمي: وضع الجداول الدراسية، تطوير مناهج الميكروبيولوجيا والمناعة، والإشراف على امتحانات البكالوريوس والدراسات العليا.
- البحث العلمي: اعتماد بروتوكولات رسائل الماجستير والدكتوراه، وتحديد الخطة البحثية للقسم (مثل أبحاث الفيروسات والبكتيريا والمناعة).
- الشأن الإداري: تنظيم ترقيات أعضاء هيئة التدريس، وتوفير احتياجات المعامل من أجهزة ومستلزمات كيميائية.